Apoiado por Alexandre de Moraes para comandar a PGR, Paulo Gonet já demonstrou independência. Embora sejam muitos os pontos de alinhamento com o magistrado, Gonet já emitiu pareceres que divergiram frontalmente de decisões do ministro, relator dos processos que miram Bolsonaro no STF.
Em uma dessas divergências, o procurador-geral ponderou não haver necessidade de medidas cautelares contra o presidente nacional do PL, Valdemar Costa Neto, como a proibição de contato com Jair Bolsonaro e o impedimento de viajar para fora do Brasil. Eles foram alvo, em fevereiro, de uma operação sobre o 8 de Janeiro. Em novembro de 2024, Moraes ignorou um parecer da Procuradoria-Geral da República que apontou como “incapaz” por transtornos mentais um preso nas manifestações. O ministro determinou o avanço do processo, optando por manter a prisão do réu. Em julho, o magistrado mandou prender cinco suspeitos de espionagem ilegal, apesar de outro parecer contrário da PGR. Paulo Gonet também recorreu de decisões que anularam condenações de José Dirceu e do empreiteiro Marcelo Odebrecht no âmbito da Lava Jato. Em março, o mesmo Paulo Gonet emitiu parecer contrário ao pedido de Bolsonaro para afastar Alexandre de Moraes do inquérito sobre a suposta tentativa de golpe. “O STF considera que as arguições de impedimento pressupõem demonstração clara, objetiva e específica da parcialidade do julgador. […] O agravante [defesa do ex-presidente], porém, não foi capaz de demonstrar a ocorrência de nenhuma das hipóteses”, afirmou o PGR. Em agosto, Paulo Gonet arquivou uma notícia-crime apresentada pelo partido Novo contra Moraes por suposta falsidade ideológica e formação de quadrilha. A sigla apontou que o magistrado teria pedido informalmente ao Tribunal Superior Eleitoral (TSE), órgão então presidido por ele, dados usados no inquérito das fake news.
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